Η Δρ Λυδία Ιωαννίδου Μουζάκα έχει εκδώσει τα παρακάτω βιβλία:
- Η Κυστική Νόσος του Μαστού (1986)
- Mastology 88 (1988)
- Senology (1992)
- Η Αποκάλυψη του Στήθους (1992 – Δεύτερη έκδοση 2005)
- Σύγχρονη Μαστολογία (1996)
- Proceedings of the 22nd Congress of the International Association for Breast Cancer Research (1998)
- Λεύκωμα ΑμεΑ 2006
- Σύγχρονη Μαστολογία 2007 (Δίτομο)
- Αναμνηστικό Λεύκωμα της Ελληνικής Εταιρείας Μαστολογίας (2009)
- Tόλμησε (2011)
Έχει δημοσιεύσει 235 επιστημονικές εργασίες σε ξενόγλωσσα και ελληνικά περιοδικά και έχει συμμετάσχει πάνω από 250 συνέδρια.